В августе 1999 года – феврале 2006 года – Борис Юрьевич был юрисконсультом в Федеральном государственном унитарном предприятии Центральный научно-исследовательский институт «Гранит» (ФГУП ЦНИИ «Гранит»). С марта 2006 года по январь 2009 года – помощником Первого заместителя Председателя Правительства Российской Федерации Д.А. Медведева, Директор департамента приоритетных национальных проектов Правительства Российской Федерации. В апреле — ноябре 2009 года– заместителем генерального директора по развитию в Государственной корпорации по атомной энергии «Росатом». С ноября 2009 года по март 2024 года Борис Юрьевич занимал пост Генерального директора Публичного акционерного общества «Интер РАО ЕЭС» (ПАО «Интер РАО»). С марта этого года по май был заместителем начальника Контрольного управления Президента Российской Федерации.
Вступив в должность, Борис Юрьевич выделил основные приоритеты в работе Счетной палаты, среди них выполнение национальных целей, определенных Президентом, вопросы технологического суверенитета, поддержки военнослужащих и их семей, выполнение госзаказа и контроль ценообразования.
Руководство Российского Союза строителей хорошо знает Бориса Юрьевича, его четкие принципы в работе, целеустремленность и ответственность. Первый вице-президент РСС Владимир Анатольевич Дедюхин отметил, что сотрудничество и взаимодействие РСС и Счетной палаты под руководством Бориса Ковальчука позволит укрепить контроль за эффективным использованием бюджетных средств в строительной отрасли, а также повысить прозрачность и ответственность в области финансовых операций.
Российский Союз строителей выражает уверенность в успешной работе нового Председателя Счетной палаты и готов поддержать в достижении поставленных целей.